『監獄戦艦3』には、4つのエンディングと3つのアフターストーリーがあります。各エンディングへの分岐は、各ヒロインを選んだ回数と、ある2箇所の選択によって決まります。
攻略チャート
アニメモードとシーンモード（重要）
すべてのエロシーンを回収するためには、アニメモードをONにした状態、OFFにした状態（シーンモード）の両方で重複シーンを観る必要があります。初期状態では、アニメモードがONになっています。
重複シーンは、4つあります。このうち2つは、STARTから最初の選択肢（ベアトリスを旦那から奪ってやる）までの間にあります。残り2つは、save003の選択肢から次の選択肢までの間にあります。
各エンディング
orで区切られた選択肢は、差分およびシーンの回収に関係します。
| GOOD END（ベアトリス＆キラ） |
| ベアトリスを旦那から奪ってやる |
| 二人の監視を怠るべきでない |
| save001 |
| ベアトリスを自分に |
| 女帝を屈服させること |
| save002 |
| 親子の昨日の行動をよく調べろ |
| save003 |
| キラを自分に…… |
| キラのアヘ顔を拝みたい |
| 着衣のままで |
| 死神の映像は最高の作品となった |
| ベアトリス END |
| Load save003 |
| ベアトリスを自分に…… |
| ベアトリスのアヘ顔を拝みたい |
| 女帝の映像は最高の作品となった |
| 着衣パイズリは男のロマン or 生おっぱいを鑑賞しながら |
| キラ END |
| Load save001 |
| キラを自分に |
| 死神を屈服させること |
| 親子の昨日の行動をよく調べろ |
| キラを自分に…… |
| キラのアヘ顔を拝みたい |
| 裸になって |
| 死神の映像は最高の作品となった |
| 鼻フックをつけて or そのまま |
| BAD END |
| Load save002 |
| 親子の部屋をよくスキャンしろ |
| ベアトリスを自分に…… |
| ベアトリスのアヘ顔を拝みたい |
| 女帝の映像は最高の作品となった |
※BAD ENDで新たに回収できるシーンはありません。
AFTER STORY
Beatrice Kushan（ベアトリス）： ベアトリス ENDを観た後で開放。
Kila Kushan（キラ）： キラ ENDを観た後で開放。
Naomi Evans（ナオミ）： GOOD ENDを観た後で開放。
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